Вихрен има дълбоки корени във футболната история на Сандански, като началото му се свързва с 1925 г., когато е основан първият местен клуб – ФК „Устрем“. През следващите десетилетия в града възникват и други отбори, сред които „Гоце Делчев“ и „Беломорец“, но след поредица от обединения и реформи, през 1957 г. всички те се сливат в единен клуб под името „Вихрен“.
Оттогава насам отборът представлява гордостта на града и преминава през редица възходи и спадове. През сезон 1976/77 Вихрен за първи път печели промоция за „Б“ група, а най-силното му представяне във втория ешелон е през 1979/80, когато завършва на второ място. Истинският пробив идва през новия век, когато под ръководството на бизнесмена Константин Динев клубът получава значителна финансова подкрепа и през сезон 2004/05 за първи път в историята си влиза в „А“ група.
Впоследствие клубът отново изпитва трудности и след преминаване в долните групи докато стабилизира представянето си и се задържи във Втора лига няколко поредни сезона.
Ето и кои са най-големите постижения на Вихрен (Сандански) в историята:
- Най-добро класиране в Първа лига – 2х Девето място (сезон 2005/06 и 2006/07)
- Най-добро класиране във Втора лига – Шампион (сезон 2004/05)
- Купа на България – 3х 1/4-финалист (сезон 2005/06; 2006/07; 2008/09)